Los inicios de esta iglesia tienen relación con las hermanas de la Caridad del Buen Pastor, llegadas desde Francia el año 1885 y que se entrelaza con la historia de los templos del Buen Pastor, de calle Rivera en la comuna de Independencia, y el de San Pedro, ubicado en calle Mac Iver en el centro de Santiago, todas pertenecientes en una primera instancia a esta misma congregación.El primer emplazamiento donde se establecieron las hermanas de la Caridad fue en San Felipe, su inicial casa. Un par de años después llegan a Santiago, instalándose en la casa de calle Rivera, donde se encuentra actualmente la Iglesia del Buen Pastor.

Su tercera casa se creó en 1888, abriéndose a la comunidad en marzo de 1890. Fue Pedro Fernández Concha, familia muy cercana a las labores de las hermanas del Buen Pastor, que cedió aproximadamente 18.900 metros de tierras de la chacra El Carmen para que se construyera la casa y la nueva iglesia, que posteriormente de manera oficial a través de escritura pública donó a la congregación, el 2 de enero de 1901. Este traspaso ocurrió paralelamente con las obras impulsadas en el sector por el intendente de Santiago Benjamín Vicuña Mackenna el cual creó el “Camino de Cintura Oriente” (actual Avenida Vicuña Mackenna) y el “Camino de Cintura Sur” (actual Avenida Matta), donde se encuentra ubicado el templo.

Una vez concluida la casa de acogida, se inició la construcción de la iglesia del Santo Sacramento. El Obispo Mariano Casanova presidió la ceremonia con la cual se puso la primera piedra de esta obra, el 8 de noviembre de 1891. Pedro Fernández Concha contrató al arquitecto francés Emilio Doyère para estar a cargo del proyecto.

El 8 de Septiembre de 1896 se inauguró, consagrando el templo al Santísimo Sacramento, mediante una gran y solemne ceremonia precedida por Mariano Casanova y un numeroso clero. También se encontraba presente la madre María de San Agustín de Jesús (Josefa Fernández Concha), visitando las casas de la congregación por encargo de la Madre General.

Según los escritos, antes de comenzar la celebración y posterior fiesta, un gran número de personas desamparadas y sumidas en la pobreza comenzaron a llegar al lugar, haciendo ingreso al templo y sentándose en los lugares exclusivamente reservados para los invitados. Uno de los hijos de Pedro Fernández Concha le hace saber a su padre la situación y que no se encontraban disponibles más asientos. Él, que sentía cercanía a los más humildes, le respondió: “La casa de Dios es la casa de los pobres, no les harán salir por nada del mundo; que los ricos se coloquen donde puedan”. Finalmente, la “Adoración de las 40 horas” marcó el fin de las celebraciones de la inauguración del templo.

Al ir en creciente aumento el flujo de personas, se comenzó la construcción el 18 de noviembre de 1891 de la sección del “Departamento para arrepentidas” ubicado al costado oriente de la iglesia, sumándose a la sección ya realizada de “personas distinguidas o conocidas que necesitaban rehabilitación”.

En el 1900 nuevamente se amplía la capacidad de la congregación en ese terreno, siendo aprobada la construcción de una escuela correccional, a expensas del gobierno pero en los terrenos del Buen Pastor. Fue el Obispo Rafael Fernández Concha (hermano de Josefa) el que se encargó por algún tiempo de la confesión.

El 9 de marzo de 1906 se realizó el solemne traslado del Santísimo Sacramento, dando por terminado el embellecimiento del templo. Sin embargo, comenzaron obras de mejoramiento de las instalaciones del monasterio: se agregó una sala de labor y otra de dormitorio en el Departamento de arrepentidas y se amplía el lavadero, ajustándose a la nueva cantidad de personas.

El terremoto del año 1985 la dejó con severos daños, por lo que al año siguiente se declara Monumento Histórico por “sus relevantes méritos y calidad arquitectónica”. Así posteriormente, en el año 1996 se aprueba la remodelación del templo, reestructurando la torre principal y mejorando el interior. Pero nuevamente el terremoto del año 2010 la deja con daños, por lo que hoy no se encuentra abierta ni con actividad religiosa esperando la reunión de fondos para comenzar su restauración. Actualmente pertenece a Gendarmería de Chile, y es su templo institucional.