El espíritu gótico invade el interior de este templo. Desde un comienzo, las puertas de madera recrean esta ambientación con sus decoraciones ojivales en la misma madera, y acompañadas por pequeñas columnas salomónicas que rematan en arcos ojivales.
Los muros de la nave que posee la iglesia se encuentra dividida en paños, separados por columnas compuestas triples adosadas al muro. La zona baja del muro se encuentra decorada por un tono pastel de la gama de los amarillos. Es separado horizontalmente por una moldura calada con forma de arcos ojivales lobulados, la que da paso al resto del muro pintado con motivos de flores de lis y lunares. A través de esta zona del muro, se pueden observar pequeños retablos con imágenes del Vía Crucis y la serie de hermosos vitrales dedicados a diferentes santos. Así, mirando al altar, en el muro izquierdo se encuentran:
Santa Clara: Es la primera y única mujer en escribir una regla de vida religiosa para las mujeres.
San Agustín: Padre y Doctor de la Iglesia Católica. Fue el máximo pensador del Cristianismo del primer milenio.
Santa Ana: Madre de la Virgen María. Es patrona de las mujeres trabajadoras y mineros.
En el muro derecho se aprecian a:
San Luis Gonzaga: Joven Jesuita que dejó su vida de las altas esferas sociales de la época y a la herencia de un título nobiliario para dedicarse al servicio religioso. Patrono de los jóvenes.
Santa Rosa de Lima: Primera Santa de América, patrona del Nuevo Mundo, institutos policiales y armados.
El Buen Pastor: Alegoría bíblica que representa a Dios cuidando, protegiendo y salvando a su pueblo. “Como un pastor vela por su rebaño […] así velaré yo por mis ovejas […] la oveja perdida, la buscaré.” Ez 34:12-16
Todos ellos se encuentran enmarcados por columnas soportadas por hermosos querubines de alas doradas y rematados por arcos ojivales. Sobre las columnas compuestas triples descansa la hermosa bóveda de crucería tetrapartita. Las nervaduras, que nacen de los capiteles de estas columnas recorren la bóveda hasta llegar a la clave, hermosamente decorada. Todo esto ornamentado con iconografía sacra, bordes y guirnaldas decorativas en pintura dorada.
El altar sigue en la misma línea ornamental. Posee una hermosa estructura de mármol para albergar al Santísimo, completamente decorado con elementos al estilo gótico, como arcos ojivales y lobulados y un pináculo bastante alto, exaltando la búsqueda de la altura como lo planteaba el estilo. Su cúpula es nervada y remarcado sus bordes con pintura dorada.
En el ábside, detrás del altar, lo corona un vitral con una hermosa representación de la escena de la Crucifixión: a la izquierda se aprecia la figura de la Virgen María, a la derecha a San Juan. Las cuatro partes del vitral están separadas por la forma de la cruz de Cristo. En la parte inferior del vitral, que coincide con la base de la cruz, se aprecia un cráneo haciendo alusión al lugar donde Cristo fue crucificado: el monte Gólgota (del cráneo o calavera). Como en el resto de la decoración, es rematado en arcos ojivales. Los dos vitrales forman entre ellos una cruz central, que los divide. A ambos lados, en los muros en ochava, hay una hornacina que contiene una figura angelical, sostenida por cabezas de querubines y rodeada por dos columnas que sostienen un arco conopial.
