Se sabe que los primeros habitantes del Cajón del Maipo fueron los chiquillanes que estaban instalados en el sector actual de San Gabriel y que, incluso, se han encontrado vestigios de la cultura Inca, gracias al hallazgo de una Momia en el Cerro El Plomo. Pero, no fue hasta después de la conquista, cuando el Gobernador de Chile, Ambrosio O’Higgins, ordena la creación de una Villa que apoye, principalmente, las faenas en la mina de plata San Pedro Nolasco. Conjuntamente, se van originando otros asentamientos de mineros que trabajan en diferentes yacimientos de plata y cobre.
Es entonces, el 16 de julio de 1792 cuando se funda la población Villa San José de Maipo, en honor a San José, con una distribución de 27 manzanas de de 84 metros por lado y cortadas por nueve calles de sur a norte y cuatro de este a oeste. Al año siguiente, se hizo la distribución de los solares y se le otorgan los dos primeros al Padre José Santos Arambulo, para erigir la iglesia y casa parroquial, que estarán situadas frente a la Plaza de Armas.
Las actividades religiosas comenzaron ese mismo año en la Villa, pero la capilla fue erigida el 20 de diciembre de 1798, desmembrándose de la Parroquia de Ñuñoa y siendo bendecida, por el Obispo Francisco José Morán, bajo el nombre de Iglesia Parroquial del Señor San José de Maipo.
Los trabajos de construcción concluyeron en el año 1800. Posteriormente, en el año 1878, por iniciativa del párroco Rafael Eyzaguirre se construye el acceso principal, conformado por un pórtico de arcos de medio punto y la torre, cuyo diseño neoclásico se le atribuye al arquitecto italiano Eduardo Pravasoli.
Cabe destacar, la constante preocupación del Padre Rafael Eyzaguirre por la parroquia y sus feligreses y que bajó su dirección se encargó de construir una Escuela Parroquial, la más antigua de la zona; se compró un sitio, para luego promover la construcción de un hospital y se obtuvo la donación de un terreno para el cementerio.
Para el año 1969 asume la dirección el párroco Luis Farré, encontrándose con construcciones muy deterioradas por el tiempo, que algunas se tuvieron que restaurar y otras demoler y volver a edificar. Así en 1975, se inaugura una nueva y moderna Escuela Parroquial, con el nombre de su fundador Rafael Eyzaguirre y en 1978, la iglesia se arreglo, reformo y pinto de rojo colonial. También, se construyeron Capillas en diversos sectores de San José del Maipo, incluso en San Alfonso se dejó una con un policlínico.
El terremoto del 27 de febrero de 2010 dejó varios daños en la iglesia, entre ellos, la torre que se vio seriamente afectada, aunque ya se constataba un daño por termitas y humedad desde el año 1997.
Por último, resaltar que junto con la Plaza de Armas, la parroquia de San José de Maipo es un hito social y turístico en esta zona cordillerana.