El sector de El Tránsito, ubicado en la comuna de Paine entre los poblados de Alto Jahuel y Huelquén, debe su nombre a la celebración religiosa en honor a la Virgen el día 15 de Agosto.

La iglesia data entre 1911 y 1915, como parte de las construcciones realizadas en el Fundo El Tránsito, dominio de Javier Eyzaguirre Echaurren, parlamentario entre 1903 y 1918 por el Partido Conservador y heredero de estas tierras que, en el XVIII, pertenecieron primeramente a don Vicente Egidio García-Huidobro y Morandé, III Marqués de Casa Real casado con doña María del Carmen de Aldunate y Larraín. Esta construcción se unió a las realizadas para la casa patronal, que fue construida cuando se trazó la línea del ferrocarril, y el parque de estilo francés que rodea ambas edificaciones. La construcción de la iglesia se debe en parte de la tradición, la cual indicaba que era el patrón del fundo el encargado de satisfacer las necesidades espirituales y religiosas de todos sus trabajadores. Las tierras pertenecieron a la familia hasta 1968, las cuales fueron expropiadas por el estado para la Reforma Agraria, con la oposición de la familia. La iglesia permaneció en pie y la casona se transformó en un establecimiento educacional.

El año 1996, para proteger esta obra, se declaró Monumento Histórico debido a las características tradicionales de patrimonio rural que simboliza esta construcción, como parte de la identidad nacional.

El terremoto del año 2010 dejó en grave estado la iglesia y la casa patronal, impidiendo su uso de forma normal. Gracias a la recolección de fondos entre vecinos, organismos privados y padres y apoderados del colegio, la casona ha podido ser rescatada. El Obispado de San Bernardo, al cual pertenece este templo, ha reunió fondos para su plan de restauración y, en conjunto con el Consejo de Monumentos Nacionales, se generó un plan de rescate. En el año 2015, con una procesión y una misa, la comunidad de El Tránsito celebró el centenario de la construcción de este templo. Actualmente, la iglesia se encuentra en el proceso final de restauración, y pertenece a un predio diferente al de la Casona del Tránsito.