El templo posee variada y profusa decoración, tanto por elementos arquitectónicos, escultóricos y pictóricos. La bóvedas de cañón rebajada de la nave central se encuentra dividida en paneles que están completamente decorados con figuras geométricas: octógonos en su parte central, cuadrados, triángulos truncados y rectángulos; todos ellos enmarcados y moldurados, algunos rellenos con decoraciones pictóricas sacras y vegetales. En la zona central y más alta rematan en una clave decorativa. Esta bóveda descansa en un claristorio, el cual contiene una fila de ventanas octogonales intercaladas con paneles decorativos pintados. Esto le da la luz necesaria que ilumina el interior de la iglesia.
Esta estructura se sostiene en columnas acanaladas de capiteles al estilo corintio rematadas en arcos de medio punto completamente ornamentados con paneles decorativos así como sus alfices, lo que divide a la nave principal de las laterales más bajas. Estas, a diferencia de la principal, rematan en un techo adintelado, también completamente ornamentado con paneles decorados. Los muros son decorados con grandes arcos de medio punto del alto de la nave, con paneles decorativos en su conformación, y separados por pilastras decorativas. Existe en esta zona del templo proliferación de ornamentación alusiva al Sagrado Corazón de Jesús.
A través de las naves laterales se pueden apreciar una serie de altares devocionales dedicados a diversos personajes religiosos, intercalándose con pequeños cuadros de imágenes alusivas al Vía Crucis. Es destacable también que en ciertas zonas de los muros laterales existen lápidas conmemorativas de ciertos personajes importantes enterrados en el lugar. En el muro de la nave lateral izquierda se observan a: San Juan Eudes, un relieve en madera del Santo Ángel Custodio, un conjunto escultórico de San José y el niño Jesús, un altar y lápida conmemorativa en mármol de José Ma. Gallo Zavala y un elemento escultórico del Sagrado Corazón de Jesús.
En el muro lateral derecho se puede apreciar: un elemento escultórico de Santa María Eufrasia Pelletier, fundadora de la Congregación de Nuestra Señora de la Caridad del Buen Pastor, bajo la cual se encuentran las lápidas conmemorativas de donantes de la congregación, en especial de Rosa de Santiago Concha de Fernández y de Rosario Fernández Concha, un relieve en madera del Arcángel San Miguel, un elemento escultórico de San Juan Evangelista, una lápida conmemorativa del Obispo Monseñor Ramón Munita Eyzaguirre, un par de ángeles el cual uno posee la bandera nacional, y un hermoso elemento escultórico dedicado a la Virgen del Carmen.
En el transepto y la parte posterior del templo la decoración es completamente distinta, bastante austera y simple. Sobre un color ocre muy suave se ubican nichos que contienen figuras escultóricas devocionales de santos, intercalados con obras pictóricas dedicados a escenas de Cristo, de la Virgen, Evangelistas y Santos. Así, el recorrido está conformado por: escultura de Santa Teresa de Jesús (Teresa de Ávila), cuadro de la Sagrada Familia, escultura de Santa Teresa de los Andes, cuadro con escena de la Crucifixión de Jesús, escultura de San Alberto Hurtado, cuadro con la imagen de San Mateo, San Lucas, San Marcos, San Juan Evangelista, escultura de la Virgen María, cuadro sobre una de las caídas de Cristo con la Cruz durante el Calvario, cuadro sobre el descenso de Cristo de la Cruz, escultura de San José con niño Jesús, otro cuadro sobre el descenso de Cristo la Cruz, cuadro sobre la Crucifixión de Cristo, cuadro sobre el Sagrado Corazón de Jesús, escultura de Juan María Vianney Santo Cura de Ars, cuadro con escena de Jesús en el monte, cuadro representando una Advocación de la Virgen María, cuadro con escena de la Pasión de Cristo, cuadro con imagen de la Virgen María y el niño Jesús en forma de Advocación, escultura sobre San Francisco de Asís y finalmente un cuadro dedicado al Corazón de María.
En la parte posterior se aprecia la sillería de coro, utilizado anteriormente como la zona de coro de las hermanas, acompañado en los muros una serie de obras pictóricas alusivas a la vida de algunos santos enumerados anteriormente en el recorrido de los muros de la zona posterior del templo.
En el crucero, en un nivel superior, se encuentra el altar que lo acompaña en la parte posterior un baldaquino rematado en arcos de medio punto donde se encuentra el Santísimo. Pendiendo de la dovela clave del arco, cuelga un Cristo crucificado.
El conjunto de la cúpula se encuentra también decorada. Partiendo por los alfices de los muros que soportan el techo del cual nace la cúpula, que se encuentra ornamentado con discos y elementos pintados que simulan molduras, dentro de los cuales se observan profusas decoraciones vegetales pintadas. Los discos centrales contienen las imágenes de: el Cordero de Dios, monograma de Jesucristo, el Sagrado Corazón, monograma mariano. El techo del transepto está decorado como una bóveda estrellada adornado con guirnaldas doradas y elementos vegetales. En la transición del muro al techo existen cuatro discos pintados que contienen la imagen de los cuatro evangelistas con sus respectivos elementos simbólicos que se relacionan con los cuatro seres vivientes del Apocalipsis:
“El primer viviente se parece a un león; el segundo, a un toro; el tercero tiene cara como de hombre, y el cuarto es como un águila en pleno vuelo.”Ap 4:7.
San Mateo/Ángel (u hombre alado): ya que su evangelio comienza con la lista de los antepasados de Jesús.
San Marcos/León: ya que su evangelio comienza con la predicación del Bautista en el desierto, donde existían animales salvajes.
San Lucas/Buey: animal típico de los sacrificios que hace referencia a la visión de Zacarías en el Templo, donde se sacrificaban animales como bueyes, terneros y ovejas.
San Juan/Águila: alegoría de la proximidad entre el apóstol y Jesús. Es la mirada al cielo del águila ya que su evangelio comienza con la contemplación de Jesús-Dios.
Ya en la zona estrellada, se aprecian discos en cada una de sus esquinas representando símbolos de la fe Católica, como el Cáliz, la Ostia, la escalera al Cielo, espigas, palomas, cruces, elementos de geometría, entre otros. El cimborrio que soporta la cúpula es de forma octogonal, cada uno de sus lados con un ventanal rematado en arco, decorado con elementos arquitectónicos como pilastras, cornisas, ménsulas y elementos vegetales dorados.
En la salida posterior, detrás de la sillería del coro que da al convento, se puede observar un hermoso conjunto en madera policromada de La Sagrada Familia, con un Jesús adolescente aprendiendo el oficio de su padre José.
