La Congregación de las Hermanas del Buen Pastor llegó a Chile el 28 de Mayo de 1855 procedente de Francia, trayendo como misión acoger y ayudar a niñas y jóvenes en estado de desamparo y así poder rehabilitarlas. Se establecieron primeramente en la ciudad de San Felipe donde crearon la primera casa de la congregación. Tres años más tarde se establecieron en Santiago en unos terrenos cedidos por el monasterio del Carmen de San Rafael, actualmente calle Rivera en la comuna de Independencia, para edificar el monasterio y el templo del Buen Pastor gracias a la ayuda caritativa de la Sociedad de Beneficencia de Señoras y sobre todo a la Familia Fernández Concha, en especial a Rosa Concha de Fernández, que tomó un rol activo en la resolución de los problemas que iban surgiendo en el transcurso de las obras.Los escritos nos relatan que la fiesta celebrada el domingo 26 de Mayo de 1861 para consagrar y estrenar el convento fue bastante suntuosa, siendo invitados lo más selecto de la sociedad santiaguina de la época, con el sermón principal a cargo del presbítero Rafael Fernández Concha y con melodías cantadas por Rosario Fernández Concha (su hermana), las señoritas Tagle y Nicanor Zañartu. Todos en posesión de hermosas voces.
La planificación del templo se le confirió al arquitecto italiano Eusebio Chelli, quien había llegado a Chile para construir la iglesia de Los Dominicos. La iglesia comenzó su construcción en el año 1862 y se consagró el 3 de julio de 1871 bajo la advocación de la Inmaculada Concepción.
En el mismo año de 1862, mientras la congregación sufría de importantes desórdenes en su organización interna por casos de lo que se comenzaba recientemente a conocer por trastornos psíquicos de histeria de algunas de sus internas y cayendo en descrédito público suspendiendo temporalmente el ingreso al noviciado, Josefa Fernández Concha, hija de Rosa y hermana de Rafael, ingresó para al año siguiente tomar los votos y recibir el nombre de María de San Agustín. Al transcurrir un año de sus votos, fue elegida Superiora. Gracias a su labor logró ordenar y organizar nuevamente la congregación, con el consiguiente aumento de las vocaciones religiosas, aumentando la cantidad de casas de acogida y de noviciado por varios países de Latinoamérica. Por este trabajo realizado y el gran aporte realizado a la congregación en su época, Josefa se encuentra actualmente en proceso de Beatificación. Siguiendo sus pasos, su hermana menor Rosa también ingresó a la congregación, pasándose a llamar posteriormente María de la Inmaculada Concepción.
El paso de los años afectó gravemente el estado de las construcciones y de las vocaciones religiosas de la congregación en Santiago, por lo que la congregación permaneció en esos terrenos hasta el año 1972 trasladándose a Puente Alto y el convento entregado en comodato a Carabineros de Chile. Ese mismo año fue declarada Monumento Histórico. Por este motivo, al no poder venderla y no hacerse cargo del lugar por los altos costos de reparación y mantención por Carabineros de Chile, quedó desocupada por varios años, siendo objeto del robo de mármoles que recubrían los altares, muebles de la sacristía y del deterioro progresivo.
En el año 1982, las propiedades fueron donadas a la Fundación Las Rosas, logrando la recuperación y restauración del templo y las dependencias del convento. Hasta el día de hoy, la iglesia y la casa de acogida permanecen en normal funcionamiento.