A mediados del XIX la capital se veía amenazada por epidemias como la viruela, tuberculosis y cólera, que cada cierto tiempo dejaban estragos en la ciudad. La expectativa de vida no superaba los treinta años y, en los momentos más álgidos de algunas de estas epidemias, ocho de cada diez niños fallecían.
En el año 1871 para el entonces presidente, Federico Errázuriz Zañartu, se hizo urgente la necesidad de construir un hospital para enfermos comunes, Hospital del Salvador, y un lazareto para enfermos variolosos y tuberculosos, Hospital San Vicente de Paul. Con esos fines, nombra una comisión, liderada por Benjamín Vicuña Mackenna y Ramón Barros Luco, para reunir los fondos necesarios para la construcción de ambos hospitales; rápidamente, se recaudan los fondos y se compran algunas quintas en La Cañadilla, para levantar el lazareto de San Vicente de Paul y un solar de propiedad del Convento de la Merced (adquirido en 1870) en los terrenos de la antigua chacra Barainca, para levantar el Hospital del Salvador.
La construcción del Lazareto es encargada al arquitecto Eusebio Chelli, el 9 de mayo de 1872, quien se encargó de la confección de los planos, pero fueron ejecutados por el arquitecto Karl Ernst Stegmöller, quien desarrolló todos los detalles de la construcción.
En paralelo, en los terrenos de la antigua chacra Barainca, en el barrio de la Providencia, ya se había iniciado la construcción del Hospital del Salvador con la dirección del arquitecto Ricardo Brown, cuya primera piedra se colocó el 1 de Enero de 1872.
Sin embargo, la construcción del Hospital del Salvador tuvo que ser postergada debido a la Guerra del Pacífico en 1879 y otros problemas económicos. Recién para el año 1888, se pudo diseñar un nuevo proyecto, construcción que se autorizó años más tarde y que fue dirigida por el arquitecto Carlos Barroilhet.
El diseño de la capilla estuvo a cargo de una de las monjas de la Congregación de las Hijas de La Caridad de San Vicente de Paul y se habría ejecutado por el año 1897, aunque algunos señalan que fue alrededor del año 1900. Cabe destacar que, desde entonces, son las hermanas de esta congregación las que administran la capilla y viven en el claustro, acompañando día a día a los enfermos del hospital.
El hospital fue inaugurado en el año 1905 y por su importancia histórica en la salud y su valor arquitectónico fueron declarados Monumento Histórico en 1985 la fachada, el núcleo central, los patios y la capilla.
Para el terremoto de febrero de 2010, tanto la capilla como algunos pabellones se vieron afectados. Actualmente, se puede observar que se están realizando trabajos en todo el hospital y en el templo.