Cuenta la leyenda popular que, en el lugar donde está emplazada la Iglesia de la Vera Cruz, alguna vez estuvo el solar que el conquistador Pedro de Valdivia habría erigido para su permanencia en Santiago, marcando de esta forma, el inicio del asentamiento de la “civilización cristiana” en territorio chileno.
Dicha leyenda nunca se ha podido comprobar, incluso se habla de documentos que la desmienten, sin embargo, en el año 1847 resultó ser demasiado útil para el restablecimiento de las relaciones entre Chile y España después del proceso de Independencia, aún cuando los intentos de aunar lazos se arrastraban del año 1844 cuando la Corona reconoce a Chile como país independiente.
En 1847, llega a Chile el representante de la reina Isabel II, Salvador de Tavira y Acosta, quien trae consigo el tratado de paz entre ambas naciones. Su labor, además, consiste en estrechar aún más el vínculo.
Este ambiente de fraternidad se fue acrecentando y Tavira logró que el pueblo chileno sintiera gratitud por el conquistador y fundador de la patria. Entonces, en el año 1852, por unánime acuerdo y acogiendo la propuesta del Arzobispo Rafael Valdivieso, la Municipalidad de Santiago decide homenajear la imagen del conquistador, perpetuando y dignificando su recuerdo, para lo cual se levanta una capilla en el lugar del mítico solar.
El templo se construye con fondos fiscales y ayuda económica del gobierno español. El encargo se le hace al arquitecto francés Claude-François Brunet des Baines, quien muere en el año 1855 y el arquitecto Fermín Vivaceta concluye la obra, que duró hasta el año 1857.
La proyección de esta capilla incluye el traslado de la imagen del Señor de la Vera Cruz, la cual fue donada por Carlos V a la Iglesia de la Merced en el siglo XVI, con una reliquia perteneciente a la cruz donde fue crucificado Jesús. Es por esto, que la iglesia se denominó como Vera Cruz (Verdadera Cruz).