La ornamentación del templo, en general, es bastante sobria. La albañilería de ladrillo está estucada y se utiliza una gama de colores que va desde el crema al terracota, en tonalidades pastel y algunos detalles en otro color. Tanto muros como cúpulas y pechinas, están ornamentados con molduras de diseños vegetales y geométricos.

Los altares mantienen el estilo romano del templo y los nichos están pintados, imitando al mármol. La mayoría de los altares se encuentran vacíos, presuntamente por los saqueos. Las pocas imágenes que quedan están ubicadas sin un orden establecido y parece que no tienen un lugar fijo; muchas de estas imágenes son esculturas de yeso y, algunas pocas, de madera policromada. En el paño superior de las puertas de  acceso al transepto, se divisan unas pinturas con motivos religiosos.

El retablo del altar mayor hecho en mármol, expone la figura del patrono del templo, San Isidro, hecho en madera y que está resguardado por las figuras de unos ángeles, que parecieran ser de yeso. El altar mayor, antiguamente hecho en mármol, fue reemplazado por un mesón de planchas de trupán MDF marmoleado blanco y verde, de tan mala manufactura y técnica burda, que es ridículamente feo.

En el ático, se aprecia un maltrecho órgano.