La Iglesia de San Isidro Labrador fue fundada en 1686 por el obispo franciscano Diego de Umanzoro, quien se dio cuenta que al sur de La Cañada existían numerosas chacras que carecían de servicio religioso. Entonces, se erigió entre las chacras una pequeña capilla de adobe en honor al patrono de los campesinos, San Isidro. Al lado del templo se levantó la casa del párroco, la que tenía un frente de corredores que pronto acogería arrieros y chacareros que se dirigían a Santiago. Al frente de la casa, hicieron un corral para los animales. Después, se loteo parte de la chacra y aumentó la población. Rápidamente, se convirtió en el centro social y espiritual del primer poblado suburbano en la zona central.

Después del terremoto de 1730 la iglesia quedó totalmente destruida. Sin embargo, en 1754 Francisco García Huidobro, el Marqués de Casa Real, hizo demoler lo que quedaba del templo original y ordenó la construcción de una nueva parroquia con cimientos de piedra canteada, hecha en ladrillo y cal. Posteriormente, el mismo García Huidobro tramitó la prolongación de un camino lateral hasta La Cañada, que en sus inicios se denominaba calle de la Pelota porque se utilizaba como cancha para jugar a la Pelota Vasca; actualmente, por el nombre del templo, se llama San Isidro.

En 1842 se inicia la construcción de la tercera iglesia, que se ubicó 100 mts al sur de la antigua iglesia que se estaba cayendo sola. El proyecto estuvo a cargo del Párroco Blas de los Reyes y concluyó en 1848. El terremoto del 6 de diciembre de 1850, provocó daños irreparables y quedando en un estado deplorable.

Las obras del cuarto y actual templo comienzan en 1896 por encargo del párroco Eduardo Gimpert. La obra es emplazada en el mismo lugar de la anterior y es diseñada por el arquitecto Ignacio Cremonesi, concluyendo los trabajos en 1903. Después del terremoto de 1906, se realizaron trabajos de refacción y se agregó la cúpula sobre el altar mayor, labores realizadas por Ricardo Echeverría. Esta cúpula se derrumbó para el terremoto de 1921, siendo sustituida por la actual.

En el presente, la Iglesia de San Isidro se encuentra en regular estado de conservación de acuerdo a lo declarado por el Consejo de Monumentos Nacionales, si bien hay deterioro que data del terremoto de 1985, el terremoto del 27F el 2010 terminó por dejarlo en un estado lamentable, con daños estructurales. Por calle San Isidro y al interior del templo, se puede apreciar la separación del muro con respecto al resto de la estructura, hay grietas por doquier y una sensación de abandono total. La iglesia está cerrada al público y se habilitó un espacio a un costado para seguir ofreciendo servicio religioso a la gente del sector.

Según se cuenta, la iglesia habría sido saqueada por un anticuario, quien aludiendo a un contrato de restauración y reemplazo de piezas, se le acusaba desde marzo de 2010 por sustraer desde la iglesia durante un año unos 389 objetos religiosos, entre ellos una campana de bronce de 200 kilos, candelabros, un sillón episcopal, un atril de bronce, un misal, un Cristo de plata de 2 metros, una campanilla de plata para misa y hasta una chimenea de roble desde la casa parroquial; incluso se habla del mármol de algunos altares, los que fueron reemplazados por burdas planchas de trupán MDF con pintura marmolada de la peor manufactura. No se sabe en qué concluyó la investigación de la Policía de Investigaciones PDI, tampoco si fue declarado culpable por los tribunales de justicia. Pero que está saqueada, lo está.

A lo mejor algún día se gestionaran los recursos para restaurarla y de esa forma seguir formando parte nuestro patrimonio, de lo contrario su destino es desaparecer y ser reemplazada por un edificio o un strip center, lo que pareciese un futuro no tan lejano.

El 24 de noviembre de 1977 fue declarada monumento histórico, por sus características arquitectónicas y la antigüedad de su construcción.