En octubre de 1553 llegan a Chile los primeros franciscanos. Cinco serían los frailes que pisarían tierra chilena, viajando desde Perú, para fundar el convento y su iglesia. Era la segunda orden que llegaba a Chile después de los mercedarios. En ese entonces, Juan de Alderete les donaría un terreno cercano a la Plaza Mayor, en el cual habitaron ocho meses y, por razones no muy claras, lo abandonaron.

En abril de 1554, los franciscanos se instalaron en los terrenos ubicados al sur del Río Mapocho, que antiguamente fueron cedidos a Pedro de Valdivia, por petición al Cabildo, para levantar la ermita de la imagen de la Virgen del Socorro, pieza que él mismo trajo en su expedición y que sobrevivió a los ataques indígenas, y ya fallecido el fundador de Santiago el solar fue donado a los franciscanos, comprometiéndose ante el Cabildo, a levantar una “fábrica arquitectónica” y a colocar en el Altar Mayor la imagen de la Virgen del Socorro (patrona de la ciudad).

En 1572 construyen una iglesia de adobe y tapias, con mano de obra indígena, la cual quedó completamente destruida después del temblor de 1583.

Decididos, entonces, a construir una iglesia definitiva de piedra canteada, piden ayuda al Rey Felipe II quien haría una cuantiosa donación, la cual les permite iniciar la nueva construcción bajo la conducción de Fray Antonio y que tres años más tarde logran terminarla el año 1618.

La iglesia con planta de cruz latina y muros de piedra, ha sobrevivido hasta nuestros días, excepto la torre que ha sido construida una y otra vez a raíz de los terremotos que la han dañado, como el terremoto de 1647 que la destruyó completamente.

La torre que actualmente conocemos, fue construida por Fermín Vivaceta en 1857, de estilo neoclásico y a la cual agregó el reloj, convirtiéndose en un hito urbano en ese punto de la ciudad.

Debido a las apreturas económicas que los franciscanos atravesaban en el año 1913, se vendieron los terrenos que correspondían a los claustros interiores del convento, los cuales fueron demolidos dando lugar a las actuales calles Paris y Londres en 1925. Asimismo, en 1940 se realizaron una serie de transformaciones, enanchando la actual Alameda, para facilitar el tránsito vehicular que en esos años había presentado un crecimiento significativo, sobreviviendo el templo franciscano a la inevitable evolución de la ciudad.

Posteriormente, en el año 1960, se funda el Comité Pro-Restauración de San Francisco con el fin de mantener vivo este patrimonio religioso y cultural que se mantiene desde la Colonia a nuestros días.

Actualmente, se está trabajando en un proyecto de restauración para recuperar la torre después de los daños ocasionados por el terremoto de febrero de 2010.