La decoración de las naves es sencilla, la principal rematada en una bóveda de cañón rebajada en madera pintada en color rojo colonial, con molduras doradas y rematadas por un entablamento decorado con triglifos, y separadas por grandes pilares realizados en madera y revestidas en cemento para conformar una columna. En la entrada existe un atrio soportado también por dos columnas de estilo corintio y bordeado por una balaustrada, en el cual se encuentra el órgano principal. Las naves laterales poseen un remate adintelado, también pintado en rojo colonial.
La iluminación del lugar está a cargo de candelabros ubicados en la parte central de cada arcos de medio punto que separan las naves.
El altar mayor se encuentra en la profunda ábside de la nave central, no deambulable, de estilo barroco en madera tallada, iluminado por una claraboya abocinada que remata en la linterna encontrada en la parte superior. Corona el altar la figura de la patrona de la iglesia, Nuestra Señora del Monte de la Cabeza, sin exactitud de la fecha de arribo de la figura a Chile. Existen dos versiones, una en 1633 por religiosos franciscanos, y la otra en 1605. El ábside está decorado con una variedad de telas ubicadas en los muros laterales, con escenas bíblicas y de santos. Su estado de conservación es precario.
Las naves laterales contienen una serie de altares de hermosísima factura, de madera policromada al estilo barroco bávaro, que se encuentran exentas de la construcción y son coronadas por los arcos de medio punto que se encuentran desarrollados en la arquitectura del templo. Mirando hacia el altar mayor desde la nave lateral izquierda, están: Nazareno del Gran Poder, representa a Jesús llevando la cruz en su hombro; Santa Filomena, altar realizado por el arquitecto Fermín Vivaceta y que se anexa posteriormente a mano izquierda la tumba con los resto de Fray Andresito, venerado en este templo; Santa Clara, figura escultórica situada en un altar arquitectónico; al lado del altar mayor se encuentra la capilla del Sagrario que contiene figuras escultóricas de ángeles guardianes que protegen el Santísimo Sacramento.
Acompañan a la capilla del Sagrario las figuras escultóricas policromadas de San Buenaventura y San Luis de Tolosa, y una pequeña obra dedicada al Sagrado Corazón de Jesús. Al lado derecho existe un altar arquitectónico dedicado a San Francisco; San Antonio; San Judas Tadeo; Santa Teresa de los Andes; Santa Margarita de Cortona, protectora de perros y gatos; y el altar dedicado a la Crucifixión, todos los anteriores realizados en esculturas policromadas.
