La actual iglesia de la Recoleta Franciscana es resultado de la última gran remodelación que se le realizó el año 1868, en la cual se procedió a reproyectar la fachada, las columnas interiores y la creación de la torre central. Se cree que en la realización de todas estas obras tuvo participación activa el arquitecto Fermín Vivaceta.

El edificio está realizado en el estilo neoclásico con elementos toscanos. Su frontis está realizado en ese estilo, rectangular con tres divisiones correspondientes a las tres naves interiores, cada una con una puerta rematada en arcos de medio punto con las dovelas a la vista, la principal de mayor envergadura. Acompaña la decoración pilastras en pedestal de estilo jónico. Remata en un frontón triangular decorado en su parte central con motivos vegetales y simbología religiosa. Corona este frontis un friso moldurado con remates en ambos lados de volutas eólicas y pedestales sosteniendo copas decorativas.

La torre, recubierta en madera, posee una conformación octogonal de estilo oriental y se encuentra dividida en cuatro partes: la parte inferior con una ventana rematada en arco de medio punto; la siguiente comparte los lados del octógono relojes y ventanas con postigos de madera. Remata en una moldura que sostiene la siguiente parte, una cúpula octogonal. La parte final de la torre la corona una linterna también octogonal.

Interiormente la iglesia está estructurada en una planta basilical de tres naves, la principal de mayor altura y rematada en una bóveda de cañón rebajada, las laterales se encuentran adinteladas. La separación de las naves se realiza por columnas al estilo corintio, realizadas en madera recubierta en yeso, que soportan arcos de medio punto y la bóveda. Las naves laterales también poseen separaciones a través de arcos de medio punto. Los muros laterales de ladrillo poseen ventanas abocinadas frente a cada arco divisorio, bajo los cuales se encuentran los altares devocionales.