Una de las características más importantes de la Recoleta Domínica es la decoración que se puede apreciar en su interior. La mayoría del ornamento está realizado en mármol. Las cincuenta y dos columnas que se encuentran al interior de la iglesia están realizadas en mármol traído de Carrara, tanto las basas como los fustes.
Los cielos adintelados de las naves se encuentran completamente decorados con paneles moldurados, los cuales contienen decoración geométrica y vegetal: se observan discos, cuadrados, rectángulos y octógonos inscritos en los paneles que contienen elementos dorados decorativos.
Los capiteles de las columnas son al estilo corintio, poseen decoración de hojas de acanto, y sostienen arcos de medio punto decorados tanto en su intradós y extradós por paneles. Algunos de ellos están recubiertos con mármol y otros con medallones y colgantes dorados. Estos arcos de medio punto sostienen en su clave las arañas colgantes traídas de Francia, para iluminar el interior. Entre los arcos existen discos decorados con obras pictóricas relacionadas con personajes de la orden. En el remate de los arcos y sosteniendo las ventanas, se pueden apreciar paneles moldurados que se encuentran decorados con festones y colgantes dorados.
Las naves laterales no poseen altares en su recorrido, salvo los dos ubicados a ambos extremos de la entrada principal, uno dedicado a la Crucifixión y otro a la Virgen María con el Niño Jesús en brazos, y los ubicados de forma adyacente al altar central. En los muros se pueden apreciar telas de gran formato que decoran las naves, representando los misterios del Rosario, pintados por diversos artistas italianos. Las rematan ventanas en forma de arco de medio punto.
Los altares principales están realizados en mármol. El altar mayor asemeja un frontis grecolatino, está sostenido por cuatro columnas acanaladas con capiteles al estilo corintio, que sostienen un frontón triangular que posee una paloma en su centro. El friso está completamente ornamentado con elementos vegetales. En la parte central se encuentra un templete, sobre éste un nicho donde se ubica la figura escultórica de María con el Niño Jesús en brazos. La acompañan a ambos lados figuras de un monje Dominico y un Franciscano. El altar está decorado por grandes arcos de medio punto decorados con elementos dorados y mármol de diversos colores. Lo acompañan en el Presbiterio una serie de elementos decorativos, como pedestales de mármol que sostienen jarrones del mismo material, pedestales que sostienen hermosas ánforas completamente de alabastro y ángeles dorados que soportan candelabros.
El altar lateral izquierdo se encomienda al Sagrado Corazón de Jesús. Está realizado en forma arquitectónica con cuatro columnas que sostienen un entablamento cortado que remata en un arco de medio punto decorado en su interior con casetones y paneles decorativos en forma de dovelas. En el centro se encuentra el conjunto escultórico. La mayoría de este altar está realizado en mármol. Lo acompañan en decoración pedestales que soportan jarrones al estilo Adam, ambos realizados en mármol, e imágenes del sagrado corazón en los paneles adyacentes.
El altar lateral derecho posee también una construcción arquitectónica. Dos columnas sostienen un entablamento decorado con festones y que soportan un frontón triangular. En el interior se encuentra una tela que muestra una escena del calvario de Jesús. Todo el conjunto se encuentra coronado por un arco de medio punto moldurado y decorado con guirnaldas, soportado por dos pilastras. Todo el altar se encuentra realizado mármol.
La cúpula está decorada con casetones moldurados que van decreciendo conforme van llegando al centro, y en sus interiores decorados con elementos vegetales. El centro está decorado con un elemento floral del cual nace la luminaria de araña colgante principal. Esta cúpula está sostenida por un tambor octogonal con ventanales, decorado con pilastras y una cornisa moldurada. También es destacable en la nave central el gran púlpito octogonal trunco que deja ver seis caras completamente talladas con personajes bíblicos, sostenido por un pedestal decorado con ocho columnas lisas con capiteles corintios sobre una basa y rematadas con figuras angelicales; y la pila de agua bendita, realizada también en mármol, representado por un ángel, que se encuentra a la entrada del templo.
