El interior de la iglesia se encuentra pintada completamente de color blanco, sobre el cual se agregar diversos elementos decorativos tanto en blanco como en dorado. La decoración es principalmente arquitectónica la cual consta de pilastras rematadas en hojas de acanto que decoran la separación de los arcos de medio punto, festones en los frisos superiores y elementos de inspiración vegetal. La bóveda se encuentra dividida en paños que se encuentran moldurados, con un desarrollo geométrico simétrico dentro de los cuales se va generando una decoración de influencia vegetal. El contraste entre figura y fondo es a través del color: cian para el fondo, dorado para las figuras. Los muros están adornados por imágenes de las estaciones del Vía Crucis pintado al óleo que fueron traídas desde Roma y donadas por Felipe Ossa Ceroz.
El altar mayor, completamente dorado, posee en su parte central una de las obras pictóricas de gran formato que se encuentran en su interior, de importante factura.
El templo posee obras pictóricas de gran formato que han sido creadas por diversos autores y son parte del patrimonio de la congregación. La ubicada en el altar mayor está dedicada a la Inmaculada Concepción de la Virgen, realizada por el artista Pietro Galiardi. A ambos lados del altar mayor, y como forma de transepto, se encuentran altares menores que también incorporan obras pictóricas. Se encuentran obras representando a San Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús, realizada por Francesco Grandi; Y obras representando a San Francisco Javier y San Alberto Hurtado realizadas Claudio Di Girólamo.
El templo conserva un gran órgano mixto que posee como núcleo central un pequeño Cavaillé-Coll siendo, con sus 3 teclados manuales y 33 registros, uno de los mayores del país.
Bajo el altar donde se encuentra retratado San Ignacio se encuentran las reliquias de San Mario, mercader persa que peregrinó junto a su familia a Roma en el siglo III, donde fue martirizado. Fueron traídas a Chile y depositadas en el templo con el fin de acrecentar su devoción en el país.