La historia de este templo está directamente ligada con el gran incendio de la Iglesia de la Compañía de Jesús en 1863, a modo de ser su heredera, y también con las vicisitudes que sufrieron los Jesuitas en los territorios colonizados por el reino español en América ya que, por orden del rey Carlos III, la Compañía de Jesús tuvo que abandonar las tierras que pertenecían a esta corona en 1767 y el Papa Clemente XIV suprimió la orden en 1773. Después de todo esto, los Jesuitas volvieron a establecerse en nuestro país de manera definitiva en 1848.
A un lado del colegio San Ignacio de los Padres Jesuitas se construyó la iglesia del mismo nombre, cuya primera piedra fue colocada el 15 de diciembre de 1867, y su estructura principal estuvo a cargo del arquitecto italiano Eusebio Chelli, el mismo quien proyectara las iglesias de la Recoleta Dominica y la de Las Agustinas. Esta construcción fue concluida el año 1872, la cual no contaba con la fachada con las dos torres de la entrada, y fue bendecida por Juan Bautista Mieges, obispo de Kansas City que estaba de paso por el país. Es en este mismo año que Eusebio Chelli abandonó el proyecyo de esta obra.
En el año 1899 se alzaron las dos grandes torres de 47 metros de altura cada una, proyectadas por el arquitecto Eugenio Joannon, las cuales indican los escritos que fueron las primeras en construirse con armadura de hierro y revestidas de cemento. Posteriormente, se une el arquitecto italiano Ignacio Cremonesi, para proyectar y construir la fachada del templo, uniéndola con las dos grandes torres.
Los escritos indican que los dos Santos chilenos estuvieron directamente relacionados con este templo. Santa Teresa de los Andes se acercaba a esta iglesia a oír misa y ser dirigida en su vocación espiritual por los padres jesuitas. También San Alberto Hurtado está estrechamente ligado ya que su formación es jesuita y también ignaciano. Se le podía ver celebrando misas y confesando a los feligreses del sector más acomodado de la ciudad de Santiago que asistían con devoción al lugar, ya que la iglesia se encontraba en el sector de las residencias de las familias de más alto rango del país.
Esta iglesia fue declarada Monumento Nacional en el año 2002 por encontrarse dentro de una zona declarada Zona Típica y por el valor artístico y espiritual que guarda entre sus muros, como parte de la historia de la congregación en nuestro país.
El terremoto del año 2010 generó daños de mediana consideración, principalmente en estucos, grietas en algunos de sus muros, y la destrucción de figuras decorativas que cayeron al suelo debido al fuerte movimiento. Por esta razón se generó un plan de restauración, finalizado en el mes de julio del año 2011.