La obra de Chelli tiene una clara alusión a influencias clásicas y renacentistas en su arquitectura, tanto en su estructura como en los elementos decorativos que posee. Pintada en un suave tomo amarillo y blanco la fachada, obra de Cremonesi, se divide verticalmente en tres partes, con la central absolutamente destacada como entrada principal, gracias a la aplicación de elementos grecolatinos a modo ornamental. La entrada, rematada en arco de medio punto con la inscripción agregada en la parte superior de la puerta en latín “HAEC EST DOMUS DEI ET PORTA COELI“ (“Esta es la casa de Dios y la puerta del cielo”) y acompañada por decoración haciendo alusión al Santísimo Sacramento, está amparada de cuatro imponentes columnas de orden corintio entre las cuales existen dos hornacinas también rematadas en arcos me medio punto que contienen representaciones de San Ignacio que son custodiados en la parte superior por bajorrelieves angelicales, y que sostienen un friso con la inscripción en latín “AD MAIOREM DEI GLORIAM” (“Para la mayor gloria de Dios”) que se le atribuye al fundador de la Orden, Ignacio de Loyola, y que es la frase más importante para la congregación. Se corona por un frontón triangular en el cual se encuentra el monograma de Jesucristo ornamentado con decoración de motivos vegetales y una cruz.

A ambos lados de esta estructura se encuentran las dos torres integradas en el proyecto que Cremonesi realizó en la fachada, las cuales se dividen en dos partes. La primera es de forma paralelepípeda adornada con motivos arquitectónicos, tanto columnas adosadas como frontones y cornisas. La parte superior es cilíndrica con el mismo tipo de decoración para mantener un ritmo coherente, las cuales son coronadas por linternas con el símbolo de la cruz. La torre oriente posee un reloj de cuatro esferas, fabricado en Bilbao e instalado en 1901 por Evaristo Molina. La torre poniente contiene tres campanas, dos de las cuales fueron creadas a partir de la fundición de una de las campanas que adornaba la incendiada Iglesia de la Compañía.

Interiormente el templo se estructura en planta basilical con tres naves, la mayor de mayor altura que las laterales y que remata en una bóveda de cañón rebajada completamente decorada. Las naves se encuentran separadas por arcadas con grandes pilares que soportan intercolumnios de arcos de medio punto y la diferencia en altura de las naves es utilizada como claristorio con ventanas semicirculares.