Por ser una construcción imbuida en el espíritu gótico, vemos que su interior se encuentra absolutamente decorado, lleno de simbología religiosa y bellamente adornado, y rematado tanto por vitrales, como por obras pictóricas.
Al ingresar, se puede observar que los colores verdes y azules rebajados son los predominantes en el interior y que, estructuralmente, todos los arcos que existen en el interior son ojivales, los que representan claramente la adhesión al estilo, así como los cielos de las tres naves que conforman el templo, absolutamente decorados con diversidad de motivos y pintura dorada, resaltando las nervaduras de la bóveda de crucería con diversidad de motivos simbólicos, geométricos y vegetales. Interesante es apreciar que todas las columnas y pilares están decoradas con motivos serpenteantes, muy influenciado por el desarrollo de la columna salomónica del Barroco, abrazados por cintas de color contrastante y desde donde nacen ramilletes de flores que complementan su decoración. El juego de colores suele ser complementario, verdes y rojos para lograr contraste, todo el conjunto delineado con pintura dorada para su mayor resalte.
Los muros laterales, de color azul cobalto, están decorados por profusión de pequeñas flores de lis doradas, símbolo de poder.
La nave central la corona un hermoso cielo en bóveda de crucería, absolutamente decorado con diversas filigranas, serpentinas y guirnaldas doradas que remarcan la geometría de los medallones pintados por el artista italiano Pedro Pelli sobre personajes bíblicos, y de la unión de las nervaduras en la clave central de las cuales cuelgan preciosas lámparas de cristal francés que, como uno de los elementos curiosos, son de las pocas excepciones que poseen cuentas de cristal de color, que se encuentran absolutamente restauradas.
En la parte superior de esta nave se encuentran los vitrales alemanes producidos por la fábrica Mayer en Munich, siendo los más antiguos instalados de esta casa conservados en la ciudad de Santiago y siendo restaurados por Juan Alexander Lueiza y Mónica Bahamondes. Representan a personajes transcendentales para la congregación y para la familia Fernández Concha. Así, mirando al altar, en el muro izquierdo se encuentran:
• San Jorge: Mártir cristiano y santo guerrero del siglo III representado, según la leyenda, venciendo a un dragón con su lanza.
• San Francisco Javier: Jesuita misionero español, conocido como el Apóstol de las Indias. Co-fundador, junto con San Ignacio de Loyola, de la Compañía de Jesús.
• San Agustín: Padre y Doctor de la Iglesia Católica. Fue el máximo pensador del Cristianismo del primer milenio y fundador de la orden que hoy se conoce como Los Agustinos.
En el muro derecho se aprecia a:
• San Luis Gonzaga (Aloisius): Joven Jesuita que dejó su vida de las altas esferas sociales de la época y a la herencia de un título nobiliario para dedicarse al servicio religioso. Patrono de los jóvenes.
• San Juan Evangelista: El más joven de los evangelistas y participante, junto a Pedro en la organización primitiva de la Iglesia.
• Niña María y sus padres: Plasma el instante en la cual la niña María está siendo educada por sus padres, Santa Ana y San Joaquín.
o A los pies de esta vidriera aparece el registro de los datos del fabricante, MAYER Y CIA, München.
La zona del altar sigue la misma línea. Los arcos ojivales que dividen la zona del crucero con el transepto están acompañadas de representaciones simbólicas de los cuatro evangelistas, o comúnmente llamado Tetramorfos.
“El hombre o un ángel se asocia a Mateo, ya que su Evangelio comienza haciendo un repaso a la genealogía de Cristo, el Hijo del Hombre.
El león se identifica con Marcos, porque su Evangelio comienza hablando de Juan el Bautista, «Voz que clama en el desierto», dicha voz sería como la del león.
El toro se relaciona a Lucas, ya que su Evangelio comienza hablando del sacrificio que hizo Zacarías, padre de Juan el Bautista, a Dios.
El águila simboliza la figura de Juan. El águila se considera el «pájaro solar», imagen del fuego, de la altitud, de la profundidad y de la luz; es el ave que posee una vista penetrante, comparable al «ojo que todo lo ve», capaz de elevarse por encima de las nubes y de mirar fijamente el sol”.
Así, en el arco de la izquierda se observa a San Marcos, representado por el león, y a San Lucas, representado por el toro. El arco de la derecha se aprecia a San Mateo, representado por el hombre/angel, y a San Juan, representado por el águila.
En la parte derecha del transepto se encuentran tres vitrales procedentes de otra manufactura, posiblemente de un artesano nacional, con fecha reciente. El de mayor tamaño corresponde a la escena del Buen Pastor, representando a Jesús rodeado de su rebaño de ovejas. Lo acompañan dos vidrieras de menor tamaño que representan a Santa María Eufrasia Pelletier, religiosa fundadora de la congregación, y la Beata María Droste, también religiosa de la congregación que influyó al Papa León XIII para que consagrara al género humano al Sagrado Corazón de Jesús.
El muro del ábside contempla un conjunto de tres vitrales, que iluminan el altar, y dos obras pictóricas de gran formato. Las vidrieras representan la serie relacionada con la vida de Jesús, de izquierda a derecha, a:
• Virgen María con niño, Santa Rosa y Santo Domingo: aparece la madre de Dios en un rompimiento de gloria con el Niño ofreciéndolo a Santa Rosa de Lima y a Santo Domingo.
• Santísima Trinidad: Dios Padre vestido de lujo con su cetro de mando, Señor Jesucristo, tocado con una corona de oro, afirmando la cruz y entre ambos la paloma aureolada con sus alas extendidas. Todos sobre la esfera simbolizando el mundo
• Sagrada Familia: se representa un momento cotidiano de la familia de Jesús, donde se aprecia a éste en un banquillo cortando una pieza de madera con una sierra y a José con un formón y martillo. A su lado, la Virgen María leyéndoles un libro.
Las dos obras de gran formato que acompañan esta serie de vitrales corresponden al autor italiano Oreste Rosso, fechadas en el año 1895. A lado izquierdo se encuentra la representación de la aparición del ángel, y a la derecha a San Miguel Arcángel. Ambas fueron restauradas por María Eugenia Van de Maele.
Mención especial debe hacerse a uno de los objetos que se encuentra dentro del templo y que está conservado por la congregación: su órgano. Fabricado por Aristíde Cavaillé-Coll, lutier francés considerado el más importante constructor de órganos de todos los tiempos, siendo el último y más pequeño instrumento que la empresa realizó para Chile, siendo instalado por Oreste Carlini en 1894, a cargo de la Fábrica Nacional de Órganos. Solo se conservan 7 ejemplares Cavaillé-Coll en Chile, todos protegidos por el Consejo de Monumentos Nacionales como Monumento Histórico.