La iglesia de San Pedro es, junto con la Parroquia El Buen Pastor y la Iglesia del Santísimo Sacramento, uno de los tres templos que se encuentran ligados directamente con la historia de la familia Fernández Concha en Santiago. El lugar donde se encuentra ubicado actualmente el templo era anteriormente el espacio donde se erigía el domicilio de esta importante familia.

Mientras Josefa, siendo religiosa de la congregación Nuestra Señora de la Caridad del Buen Pastor y encargándose del convento que se encontraba a un costado de la iglesia del Buen Pastor de la comuna de Independencia, Rosario Fernández Concha, una de sus hermanas, fue la responsable de haber creado un colegio que compartía lugar con la casa familiar: “Colegio Rosa de Santiago Concha”.

Posteriormente, el espacio utilizado por la casa familiar pasó a ser parte del convento de las hermanas, convirtiéndose en la “cuarta” casa de acogida que poseyeron en el país, y en 1883 Rosario cedió los terrenos familiares a la congregación del Buen Pastor, hermandad a la pronuncia los votos antes de morir.

Es en el espacio ubicado entre el colegio y la casa de la congregación donde se proyectó el templo, el cual fue construido entre los años 1890 y 1896 a cargo del arquitecto Emilio Doyére, y que se consagra a San Pedro en relación a su padre, Pedro Fernández Recio, y a su patrono.

Tanto el templo como la congregación funcionaron normalmente hasta 1985, donde el gran terremoto del 3 de Marzo en la zona central del país dejó con graves daños a la iglesia, principalmente en la torre de la entrada y en algunos muros, los cuales fueron restaurados posteriormente en el año 1992 por el arquitecto Jorge Gómez y Juan Martínez.

En el año 1990, mientras el templo era decretado Monumento Nacional por representar el estilo de fines del siglo XIX, ameritando su preservación, el terreno adyacente donde funcionaba el colegio Rosa de Santiago Concha, era adquirido por la Universidad Mayor que posteriormente restaura y da cabida en la actualidad a la Facultad de Artes de esa Universidad. En el lado norte, aún se encuentra la casa de la congregación, la cual ayuda a niñas en riesgo social.