El templo posee una decoración bastante sobria y sencilla, principalmente apoyando y resaltando los elementos arquitectónicos de la estructura. Los colores dominantes en su interior están rebajados al blanco: crema y blanco que se van combinando para generar el contraste de figura y fondo. Su ornamentación estuvo a cargo por diversos artistas importantes de la época, como por ejemplo José Miguel Blanco, el primer escultor chileno que el Gobierno envió a París.

La decoración se da principalmente en el ábside. Acá se pueden observar un conjunto de siete vitrales decorados con motivos geométricos de colores amarillo y azul que le dan luminosidad y el dramatismo simbólico en el altar característico de la función que cumplían estas vidrieras. El central está dividido en tres paños que rematan en arcos ojivales.

El altar, de un tratamiento decorativo muy austero, está decorado por una obra pictórica de importante dimensión dedicado a María Auxiliadora, simbolizando la importancia de templo como principal Santuario dedicado a esta advocación.