A mediados del XIX la capital se veía amenazada por epidemias como la viruela, tuberculosis y cólera, que cada cierto tiempo dejaban estragos en la ciudad. La expectativa de vida no superaba los treinta años y, en los momentos más álgidos de algunas de estas epidemias, ocho de cada diez niños fallecían.

Corría el año 1872, el país se enfrentaba a una gran epidemia de viruela y tuberculosis y para el entonces presidente, Federico Errázuriz Zañartu, se hizo urgente la necesidad de construir un hospital para enfermos comunes, Hospital del Salvador, y un lazareto para enfermos variolosos y tuberculosos, Hospital San Vicente de Paul. Con esos fines, nombra una comisión, liderada por Benjamín Vicuña Mackenna y Ramón Barros Luco, para reunir los fondos necesarios para la construcción de ambos hospitales; rápidamente, se recaudan los fondos y se compran algunas quintas en La Cañadilla, para levantar el lazareto de San Vicente de Paul.

La construcción del Lazareto es encargada al arquitecto Eusebio Chelli, el 9 de mayo de 1872, quien se encargó de la confección de los planos, pero fueron ejecutados por el arquitecto Karl Ernst Stegmöller, quien desarrolló todos los detalles de la construcción.

En paralelo, en los terrenos de la antigua chacra Barainca, en el barrio de la Providencia, se inicia la construcción del Hospital del Salvador con los planos del arquitecto Ricardo Brown. La primera piedra se coloca el 1 de Enero de 1872.

La construcción del Lazareto y su capilla comenzó el 1 de septiembre de 1872 en el barrio de La Chimba. Primero se levantó la sección hombres y la capilla se proyecta como el elemento central y ordenador de todo del recinto hospitalario. La sección de mujeres se construyó entre 1888 y 1895, cuya obra estuvo a cargo del arquitecto Juan Geiger.

El Lazareto se inauguró en 1875 y la administración quedó a cargo de las Hermanas de la Caridad de San Vicente de Paul, congregación que llegó a Chile en 1860. Al igual que todos los centros infectocontagiosos que eran atendidos por monjas, ellas arriesgaban su vida a diario para llevar consuelo espiritual a los enfermos y, también, llevaban un registro de las hospitalizaciones y el destino de cada paciente. Las religiosas francesas, se instalaron en un claustro, compuesto por pabellones adosados a la fachada sur del edificio del culto.

Posteriormente en el año 1889, bajo el gobierno del Presidente José Manuel Balmaceda, entre las secciones de hombre y mujeres, se construye el edificio de la Escuela de Medicina.

Durante la Guerra del Pacífico, el conjunto quedó destinado exclusivamente para el Ejército y la sección lazareto para los variolosos. Para el año 1891, se acogieron cerca de 2000 heridos de las batallas Concón y Placilla de la Revolución de 1891.

En el año 1929, el Hospital San Vicente de Paul queda oficialmente a disposición de la Facultad de Medicina como su Hospital Clínico, el cual sufriría un voraz incendio en el año 1948, quedando totalmente destruido junto con la Escuela de medicina. Se construyó un nuevo recinto hospitalario, cuyas obras terminaron el año 1952 y el que se denominó Hospital Clínico José Joaquín Aguirre en honor al Dr. Aguirre. Ese mismo año, se iniciaron las obras de construcción de la nueva y actual Escuela de Medicina, reemplazando la original incendiada, junto con la demolición del Hospital San Vicente de Paul, del cual quedaron algunas naves dispersas y la capilla, rodeada de edificios del actual centro hospitalario.

La capilla, junto con la Escuela de Medicina y el complejo hospitalario José Joaquín Aguirre, pertenece a la Universidad de Chile; eclesiásticamente, pertenece al Arzobispado de Santiago.

En distintos periodos ha pasado por varias restauraciones, la más importante se centro en recuperar la iglesia respetando la construcción original, dándole valor a la fachada (se eliminaron adosamientos que se habían agregado anteriormente y que no permitían leer la cruz), se repararon muros sustituyendo algunos de adobe por otros de albañilería, bóvedas, pisos y techos.