La decoración del templo, como la conocemos de manera tradicional, es casi inexistente. Se basa principalmente en el juego de la luz natural que se escabulle por entre los planos superpuestos y traslapados. Éstos crean líneas de luz que juegan en el interior dependiendo de su intensidad, iluminando los muros de forma superior, inferior y lateralmente, logrando así la unión del espacio interior con el exterior. Los pocos elementos presentes tienen un sentido, solo comprensible, al recorrer la iglesia.

Cuando se accede, la rampa ascendente invita al recorrido y conduce hacia el nicho de la Virgen. Dicho nicho, a diferencia de los tradicionales, es convexo y en él está sostenida en voladizo una escultura de la Virgen con la leyenda “Yo sostengo tu Cruz” de la artista premio nacional de arte Marta Colvin, junto con Francisco Gacitúa, uno de sus alumnos. La obra de 2,30 mts de altura realizada en madera, se basa en los preceptos del estilo de la artista de realizar una reposición del constructivismo y data del año 1970.

La imagen de la Virgen guía la mirada hacia la Cruz que preside al altar. La Cruz, elaborada en madera y conformada por una cruz griega, presenta dos caras; una, con Cristo crucificado y, la otra, una aplicación en metal repujado, con la imagen del Cordero de Dios. Asimismo, el altar, construido en hormigón, funciona como una pieza de unión entre fieles y monjes.

El diseño del mobiliario del coro, es obra del arquitecto Raúl Irarrázaval. Cabe destacar en este punto, el órgano construido por Oreste Carlini en 1919. Este hermoso instrumento, alguna vez perteneció al Monasterio de las Monjas Clarisas del barrio Recoleta y, entre 1975 y 1976, fue trasladado a la Iglesia del Monasterio Benedictino. A su lado se encuentra el salterio, una pequeña arpa tocada con uñeta, que también se utiliza para acompañar los oficios religiosos.

Algunas entradas de luz en la capilla del Santísimo, están tamizadas por piezas que tiñen este espacio de un color ámbar, evidenciando la capilla del Santísimo desde la nave de los fieles a través de un vano y, produciéndose de esta forma, un contraste entre el ámbar de la capilla con el blanco de los muros. En este lugar, apreciamos la imagen de Cristo crucificado y un altar de hormigón, un espacio común entre fieles y monjes de extrema solemnidad.

Finalmente, en otro espacio, que arranca de la nave de los fieles, se encuentra un altar dedicado a la Sagrada Familia, conjunto escultórico policromado, correspondiente a la escuela Quiteña, del año 1750.

El resto de la decoración lo realiza la luz entrante por los espacios deliberadamente formados en la obra. Es la encargada de desarmar los cubos constructivos e independizar cada uno de los planos, conformando así el ascetismo y la unión del interior con el exterior y con la divinidad superior, tanto en su arquitectura, como en los fieles y monjes.