La Basílica del Salvador se construyó en memoria a la iglesia de la Compañía de Jesús, derribada por el histórico incendio que sufrió en el año 1863 para la festividad de la Inmaculada Concepción, donde murieron casi 2 mil personas, como una forma de mantener a los feligreses de ese acomodado sector de la capital. Su nombre se relaciona ya que el templo está dedicado a Jesús Cristo Salvador del mundo.
Sus inicios se remontan a 1864 cuando el Arzobispo Rafael Valdivieso ordenó su construcción, adquiriendo los terrenos vecinos a la Casa de Ejercicios San José en 1866, la que estuvo a cargo en una primera instancia por el arquitecto alemán Teodoro Buchard. Aunque su inauguración se realizó en el año 1892, faltando la mayor parte de la ornamentación, el templó demoró 30 años en terminarse y se transformó en el centro de devoción de la patrona de Chile: la Virgen del Carmen cuya figura, traída desde París el año 1828, se encontraba en el interior del lugar. Durante esos años se desarrolló la Guerra del Pacífico, por lo que mucho fieles y soldados devotos acudían al templo a ofrecer sus armas y encomendarse a la Virgen del Carmen.
El Papa Pío XI, en 1938, elevó la iglesia al rango de Basílica. Así, el templo llegó a ser el más concurrido y admirado de la zona. Posteriormente, pasó a manos del arquitecto chileno Josué Smith Solar la misión de concluir las obras de la iglesia, la que fue entregada en 1932. En 1938 el Papa Pío XI le da el rango de Basílica, transformándose en el epicentro de unos de los barrios más importantes y distinguidos de la ciudad de Santiago: el barrio Brasil.
El 24 de Noviembre de 1977 fue declarado Monumento Nacional, decretado por su interés histórico, características arquitectónicas y antigüedad de la construcción, y hasta 1984 era el centro de la procesión de la Virgen del Carmen, la cual se sacaba a las calles del sector seguida por un gran número de fieles.
Lamentablemente, el terremoto del mes de marzo de 1985 dejó con gravísimos daños a esta iglesia. Muros, bóvedas y estucos caídos, vitrales reventados y problemas estructurales hicieron imposible su uso y se prohibió el ingreso a los fieles por riesgo de derrumbe. La imagen de la Virgen del Carmen fue trasladada a la Catedral Metropolitana, en lo que actualmente es la Capilla del Sagrario, donde hoy se la puede visitar. La gran cantidad de dinero necesario para la restauración del lugar hizo que este edificio permaneciera abandonado y en precarias condiciones. El terremoto del mes de febrero de 2010 no hizo más que agravar la ruinosa condición del inmueble, derrumbándose el resto de la techumbre y uno de sus muros laterales.
Posterior a este hecho, se constituyó la Fundación Basílica del Salvador, organismo integrado por entes privados, la Iglesia, la Municipalidad de Santiago, el Ministerio de Obras Públicas y el Consejo de Monumentos Nacionales, para conformar un plan de recuperación a mediano plazo de este monumento.
En el año 2014 se generó un plan de reconstrucción del edificio, con aportes de la fundación, comenzando su primera etapa la cual consistió en limpieza de escombros y una selección y catalogación de algunos elementos que pudiesen ser relevantes al momento de la reconstrucción. Posteriormente, y como parte de esta primera etapa, se realizaron trabajos de estabilización estructural, para evitar el continuo daño y el riesgo para la comunidad del sector.
En el mes de enero de 2016 el Gobierno de Chile anunció el aporte de 2 mil millones de pesos al plan de reconstrucción de la basílica, que comenzará su segunda etapa, la cual implicará la instalación de aisladores sísmicos y la restauración completa de la estructura, actividades que tomarán un período aproximado de 3 años. Finalmente se concluirá con la restauración del arte del edificio, entre ellos los vitrales alemanes del siglo XIX, para recuperar este hermoso edificio, que ha sido símbolo de las diversas problemáticas patrimoniales del país, y que logrará generar una mejora urbana al barrio Brasil, así como en su época más deslumbrante, como importante centro del culto religioso de la ciudad.