En 1853, el Arzobispo Rafael Valdivieso compra parte de la chacra Quinta Alegre y otros predios aledaños para fundar el Seminario de Santiago. Estos terrenos adquiridos, se caracterizaban por su frondosa vegetación, aire limpio y su cercanía con Santiago y se encontraban entre las actuales calles Rancagua, Providencia, Condell y Seminario, donde se emplazó el Seminario Conciliar para la formación espiritual de los religiosos por casi un siglo.
El arquitecto español Manuel Calvo estuvo a cargo de la obra y diseñó los planos de la primera capilla, las habitaciones de los seminaristas y las dependencias, comenzándose la construcción bajo la dirección del rector del Seminario, Monseñor Larraín Gandarillas, quien conocía algunos conventos y seminarios europeos y de los cuales sacó algunas ideas para dotar a la nueva construcción de hermosos jardines, una piscina para la práctica de natación, una cancha de futbol (la primera de la ciudad y del país) y una laguna rodeada de arboles y vegetación exuberante.
En 1884, Monseñor Casanova ordena la construcción de un nuevo templo para el Seminario, puesto que la antigua capilla, con el tiempo, se hizo estrecha y pequeña. Aprovechando la estadía del arquitecto italiano Ignacio Cremonesi en Chile, se le encomienda el diseño de la nueva iglesia para el Seminario, que sería utilizada solo por los religiosos y seminaristas.
Cremonesi aplica el estilo románico, el interior está compuesto por tres naves y, al igual que la Catedral, el cielo está abundantemente ornamentado y los muros laterales acogen hermosos vitrales alemanes. La antigua capilla se convirtió en la biblioteca del Seminario y contuvo más de 30.000 ejemplares.
El Seminario Conciliar de los Ángeles Custodios permaneció ahí hasta el año 1955, aún cuando la propiedad se fue achicando desde principios del siglo XX, para financiar una nueva edificación en otro lado de la ciudad. Sin embargo, la iglesia se conservó para la atención de los feligreses provenientes del sector y resguarda piezas de la antigua capilla de 1857, como el Altar Mayor, la imaginería en madera dorada al fuego de los Ángeles Adoradores y las lámparas de bronce del Santísimo.