La pintura interior se debe al artista italiano Giacomo Lattanzi, quien la realizó en muros, columnas y techumbre con una especial característica celeste, rosa y dorada, con las nervaduras que decoran y estructuran las bóvedas ornamentadas con bellos elementos naturales conformando guirnaldas que recubren toda su extensión. La ornamentación estuvo a cargo de diversos artistas, como el pintor Onofre Jarpa que realizó los decorados de los altares y retablos, y del escultor Virginio Arias, creador de las piezas de bronce.
Uno de los trabajos más importantes que se aprecian en su interior son el conjunto de vitrales que poseen sus muros, fabricados por la casa alemana Mayer en Münich y que también ha sido la encargada de decorar otros templos de la capital. El templo posee un total de 26 vidrieras, algunas de las cuales estallaron a causa de los terremotos de 1985 y 2010, todas con terminación en arco ojival:
La primera serie consta de once vitrales, ubicados en el altar central y zonas adyacentes, representando a Santos de la Iglesia:
– San Mateo.
– San Marcos.
– Sagrado Corazón de Jesús.
– San Lucas.
– San Juan.
– San Andrés.
– Inmaculada Concepción.
– San Pablo.
– San Francisco de Sales.
– Cristo Redentor.
– San Jacobo.
La segunda serie consta de catorce vitrales que se encuentran a lo largo de las naves laterales y del transepto, los cuales muestran pasajes de la vida de Cristo. En la nave lateral izquierda se observan:
– La Anunciación: El arcángel Gabriel visita a María y le anuncia la santísima maternidad.
– El Niño Jesús visitado por Reyes Magos. (Transepto): Melchor, Gaspar y Baltasar visitan al Niño Jesús con sus respectivas ofrendas.
– Presentación del Niño Jesús en el templo: María y San José acompañan a un sacerdote con el Niño Jesús en sus brazos, siendo presentado en el templo.
– La huida a Egipto: la Sagrada Familia huyendo después que el rey Herodes diera la orden de matar a todos los recién nacidos.
– La Sagrada Familia: José y María reunidos con Santa Ana y San Joaquín en torno al niño Jesús, en el interior del hogar.
– Jesús ante los sabios en el templo: Representa la infancia de Jesús, cuando da un discurso en el templo a cinco patriarcas que lo escuchan atentamente.
– Jesús recibe el bautismo de Juan: Se muestra a Juan dando bautismo a Jesús a orillas del rio Jordán, recibiendo el Espíritu Santo que lo unge como el Cristo.
La nave derecha consta de los pasajes bíblicos:
– La tentación: Se representa a Jesús rechazando al demonio que lo viene a tentar, dentro de sus 40 días de preparación en el desierto.
– Dejad que los niños vengan a mí: Jesús reunido de niños, el cual representa el amor a los inocentes.
– Jesús expulsa a los mercaderes: Jesús demuestra su ira cuando encuentra un templo consagrado a la oración invadido por comerciantes.
– Dad al César lo que es del César y a Dios lo que es de Dios: Jesús respondiendo la capciosa pregunta hecha por un fariseo, relacionada con el pago de impuestos.
– La última cena: En torno a la mesa, Jesús anuncia que uno de los apóstoles lo va a traicionar, mientras que ellos dudan sobre quien será el responsable.
– Jesucristo en la cruz. (Transepto): Jesús, tras ser detenido y flagelado, es clavado en la cruz para posteriormente morir.
– Aparición de Cristo ante los apóstoles: Segunda aparición de Jesús resucitado ante los atónitos y maravillados apóstoles, junto a la Virgen María, mostrando las llagas al incrédulo arrodillado Santo Tomás.
Un único vitral ubicado en el pórtico de acceso: muestra una escena historiada del Arzobispo Mariano Casanova ofreciendo, junto con otros religiosos, el templo construido al Altísimo.