En el año 1874, los agustinos contratan a Santiago Eastwood para llevar a cabo los trabajos de remodelación del exterior e interior de la Iglesia. Santiago Eastwood, subcontrata a arquitectos, marmolistas, estucadores y pintores, quienes trabarían bajo su dirección y supervisión. Muchos de esos trabajos, todavía permanecen visibles en la Iglesia.
La nave central, con el cielo abovedado, ricamente ornamentado con diversas molduras y con 32 pinturas de Benito Rebolledo.
Destaca, también, el púlpito dorado de piso y cielo octogonal, con una escalera dorada, en cuyo frente tiene una escultura de un Santo de cuerpo entero, obra atribuida a los jesuitas bávaros de Calera de Tango.
Como mencionábamos, la Iglesia de San Agustín ha sido sometida a diversos procesos de hermoseamiento, “modernización” y posteriores restauraciones a lo largo de su existencia. Lo que un día hizo un artista, después fue borrado por otro. Es el caso del Altar Mayor.
El emblemático Altar Mayor de la Iglesia de San Agustín, encargado por los agustinos al escultor Bernardo Godoy, aproximadamente, en el año 1798, fue hecho en albañilería de ladrillo y con madera policromada; en el año 1874, el arquitecto Aquiles Dell’Aquila diseña un nuevo altar que estaría hecho con cimientos de piedra, columnas y muros de ladrillo, todo recubierto en su exterior con mármoles artificiales de distintos colores; la parte de la mesa y las gradas serían de mármol natural. Con estos trabajos de remodelación, el altar hecho por Bernardo Godoy quedaría oculto más de un siglo.
En la última restauración, efectuada en el año 2004, se eliminó el trabajo de Aquiles Dell’Aquila, saliendo a la luz el Altar Mayor diseñado por Godoy, el que se puede apreciar actualmente.
El cuadro de Nuestra Señora de Gracia, ubicado en el Altar Mayor, fue pintado en 1874 por el italiano Helios Rodolfo Gagliardi. Lo elaboró en la misma época en que se levantaba la estructura del altar. Recientemente restauradas, dejan apreciar todo su colorido.
A la izquierda se encuentra una imagen de San Agustín y a la derecha Santa Mónica (madre de San Agustín), madera tallada y dorada a fuego.
Las naves laterales, tienen el cielo adintelado y ornamentado con diversas molduras, en general, la vista asume colores acogedores y luminosos, entablando una conexión directa con lo celestial.
Encontramos los altares.
El Altar del Señor de Mayo (Cristo de la Agonía), popularmente conocido como Cristo de Mayo, está hecho en Italia y construido con mármoles de distintos colores, tiene dos columnas a cada lado de estilo barroco con ábaco chaflanado. La imagen de Cristo, de madera policromada, es obra del Padre Pedro de Figueroa, quien con la ayuda de un carpintero anónimo concluyó la obra en 1612. Su devoción aumentó con el terremoto del 13 mayo de 1647, cuenta la historia que solo quedó en pie el muro que sostenía esta imagen y que la corona de espinas bajó de la cabeza hasta el cuello, siendo imposible volver a colocarla sobre la cabeza de Cristo, por lo que se le considera una imagen milagrosa. Desde entonces, la imagen es sacada en procesión en el mes de mayo, siendo una de las fiestas religiosas más antiguas de Chile, desde la Colonia a nuestros días.
Con respecto a los mitos y leyendas que se han tejido en torno a la Quintrala y el Cristo de Mayo, son solo eso, puesto que el Señor de la Agonía se instaló en 1612 en el templo y nunca perteneció a la Quintrala.
El Altar del Sagrado Corazón de Jesús, hecho con mármoles blancos y rosáceos, con columnas de estilo corintio con ábaco chaflanado, contiene la imagen de Cristo, en madera policromada, en la cornisa se encuentran dos ángeles, de estilo barroco, pertenecientes a la etapa colonial del templo. Lo acompañan dos figuras, la Dolorosa y Santa Clara de Montefalco, ambas figuras en madera policromada.
El Altar de Santa Rita (Abogada de los Imposibles), hecho en mármoles blancos, rojos y negros en el año 1909 por la firma Bottinelli, con columnas de estilo corintio con ábaco chaflanado, acoge un cuadro al óleo, de Eucarpio Espinoza, realizado en 1909. Esta obra plástica, nos presenta a la Santa cuando se produce la estigmatización de la espina en la frente.
El Altar de Nuestra Señora del Carmen, hecho en Italia, similar al Altar del Cristo de Mayo, con mármoles rojos, blancos y negros. La imagen de la Virgen del Carmen, habría sido donada por la señora Rebeca Rodríguez Mena, en el año 1970, la cual guardaba con mucho recelo pues sería una herencia de sus antepasados. Dicha imagen, vestida, está hecha en madera policromada.
El Altar de Nuestra Señora del Buen Consejo, hecho en 1901 por Eusebio Ceppi, con mármoles blancos, rosados, amarillos, rojos y negros, con columnas de estilo corintio con ábaco chaflanado. Acoge un óleo que representa a la Virgen, obra de Pedro Lira.
El Altar de San Nicolás de Tolentino, hecho de mármoles blancos con adornos negros y rojos, con estilo similar a los anteriores, contiene un óleo que representa al Santo, obra que se le atribuye a Saverio Morra, de fecha indeterminada.
El Altar de Nuestra Señora del Sagrado Corazón (Abogada de las causas difíciles y desesperadas), de mármol blanco, con columnas de estilo corintio con ábaco chaflanado, alguna vez estuvo dedicado a Santo Tomás de Villanueva, actualmente contiene una litografía, con marcos dorados, que representa a Nuestra Señora del Sagrado Corazón, donada en 1955 por el cantante Arturo Gatica para cumplir una manda al diagnosticársele la pérdida de la voz.
Existen otras imágenes de talla en madera policromada y algunas de yeso, ubicadas en distintos lugares del templo. La más importante, es una escultura antigua de madera policromada con la imagen de San Agustín. También, detrás de algunas de estas imágenes se puede apreciar la recuperación de una de las paredes hechas en sillería de piedra blanca, del Cerro San Cristóbal, correspondientes al siglo XVII, después de la restauración del año 2004, una verdadera reliquia de las construcciones coloniales.
Por otra parte, tenemos el órgano, encargado en 1870 por el Padre Eleuterio González al destacado organero italiano Angelo Morettini. Cuenta la historia que Morettini demoró 18 meses en construirlo con ayuda de su hijo Nicolás y resultó tal obra de arte, que fue expuesto para su admiración, antes de partir a Chile, en el Templo del Espíritu Santo de Perusa, dotando de mayor celebridad al taller de los Morettini.
Llegó a Santiago en noviembre de 1877 y era un instrumento con una tecnología tan sofisticada, que los agustinos debieron pedir ayuda para armarlo. Manuel Larraín asumiría este desafío y, finalmente, el órgano Morettini sería inaugurado el 24 de abril de 1878.
En 1920, se contrató al organero argentino Oreste Carlini para que hiciera una remodelación del órgano Morettini.
Finalmente, aunque están en la Sacristía, se destaca una colección de textiles, llamados “ornamentos chinos”, traídos a Chile por el Padre Juan de Váscones en 1598. Erróneamente se creía que los bordados tenían motivos chinescos, confucianos y búdicos, de hecho algunos textiles fueron intervenidos para que fueran útiles para el culto, pero se ha estudiado y concluido que los bordados representan escenas bucólicas y cortesanas.
Otro textil que se destaca, es el famoso Terno Frutilla, diseño de origen francés del siglo XVIII, cuyo principal elemento decorativo es la frutilla, de seda, con hilos de oro, excelente trabajo bordado y colorido.