Al interior del templo del Monasterio de Carmen Bajo de San Rafael, podemos observar que la bóveda de crucería de la nave lateral está ornamentada con molduras pintadas en color ocre sobre fondo blanco. Hay dos nichos que dan lugar a los altares devocionales y cada uno expone grandes tallas en madera.

Los vitrales en esta nave son de gran formato (2,5 m), tienen un trabajo de grisallas en colores horneados y el maestro vitralista Juan Santiago Tapia trabajó en la reposición de los vitrales en el año 1982. Los vitrales tratan sobre el Arcángel San Rafael, Arcángel San Miguel y Arcángel San Gabriel.

La bóveda de crucería de la nave principal, está ricamente ornamentada con molduras en color ocre y pinturas de distintos Santos. En la zona del presbiterio, la bóveda presenta otra obra pictórica con el Arcángel Rafael como tema central y que, claramente, no es del mismo autor de las otras pinturas.

Los muros también están ricamente ornamentados con molduras en color ocre y en la parte alta donde se encuentran los vitrales, en los muros hay unas pinturas en muy mal estado de conservación. Los vitrales de esta sección son verticales, están dedicados a distintos Santos y se encuentran en mal estado de conservación.

El Atar Mayor es de mármol y remata en una hornacina que expone la figura de la Virgen del Carmen.

En la zona del coro se ve una talla del Sagrado Corazón de Jesús.

Destacable, el púlpito de madera.

Como la iglesia está cerrada no se aprecian más altares devocionales.