El Altar Mayor, el comulgatorio y los altares laterales de la Cripta de la Basílica de los Sacramentinos, fueron encargados al taller “Marbrerie Guiraud Fres” en Toulouse Francia el año 1913 y están hechos de mármol, destacándose entre ellos el Altar Mayor por su exquisita decoración. Los altares fueron traídos por partes y llegaron a Santiago el año 1922 y fueron armados por la famosa Marmolería Ceppi.
El altar lateral izquierdo está presidido por la imagen de la Virgen del Carmen y el altar lateral derecho, por las imágenes de San Joaquín y Santa Ana.
El pulpito tallado con figuras de los Apóstoles, la sillería del coro, los bancos y los confesionarios fueron realizados en los talleres de los Padres Salesianos.
Las capillas laterales, donde se ubican los confesionarios, se iluminan muy tenuemente por los vitrales de los ventanales, todos hechos en Chile y con distintos motivos religiosos.
Sobre las columnas de las naves laterales se aprecian las tallas de la Estaciones del Vía Crucis.
Las escaleras de acceso son de mármol con pasamanos de bronce. En el acceso, se encuentra una gran figura de Cristo crucificado.
En el Templo Superior, las capillas laterales de las naves van dando cabida a los altares devocionales y confesionarios. Tienen el cielo abovedado y están provistos con ventanales de arco de medio punto y vitrales hechos en Chile con distintos motivos religiosos.
Se destaca entre ellos, el altar devocional con la figura de San Pedro Julián Eymard, talla hecha en Roma. Destacable también, la figura de la Inmaculada Concepción, la Virgen del Carmen y el trabajo en mármol de la imagen y el altar de Nuestra Señora del Santísimo.
El Altar Mayor dedicado a la exposición perpetua del santísimo, está hecho en mármol y fue mandado a hacer en los talleres del Artista Magna en Argentina, junto con el altar de Nuestra Señora del Santísimo.
Al centro del Altar Mayor se levanta el templete que exhibe el santísimo, una gran pieza de bronce traída de Francia y custodiada por dos ángeles.
El ábside de la tribuna está decorado con vitrales de arco de medio, todos hechos en Chile.
Continuando por la tribuna pero en el sector del transepto, se pueden apreciar 6 grandes vitrales fabricados en Francia. Los motivos de estos vitrales tienen que ver con la historia de la construcción del templo y presentan algunos daños. Se pueden ver distintas personalidades femeninas y masculinas que ayudaron en la construcción del templo, destacándose el que retrata al Arzobispo Crescente Errázuriz con la maquette de Los Sacramentinos en sus manos y el que retrata al arquitecto Ricardo Larraín y al ingeniero Victor Auclair.
Hacia el coro se encuentra el órgano construido por la Casa Walcker y traído desde Alemania.
Las puertas de bronce fueron labradas por orfebres chilenos.