En el año 1595 llegan a Santiago, desde Perú y después de desembarcar en Valparaíso, los primeros frailes Agustinos. A su llegada, fueron acogidos en el Convento de La Merced; recordemos que los mercedarios ya estaban instalados en Santiago, así como los Jesuitas, Domínicos, Franciscanos y las Agustinas Canonesas.
A los pocos días se consiguieron un solar a una cuadra de la Plaza Mayor (Plaza de Armas), lo que molestó profundamente a los Domínicos, aludiendo a que no se estaba respetando la distancia que debe existir entre un convento y otro, disposición del derecho canónico expresado en las Leyes de Indias, ante lo cual el Provincial de los Domínicos, logró que los Agustinos abandonaran el lugar, volviendo, así, al Convento de los Mercedarios.
Posteriormente, Francisco Riveros, les ofreció en venta los solares que corresponden al frente de la actual calle Moneda, entre Estado y San Antonio. Estas casas, se dice, eran de dos pisos, donde los Agustinos se instalaron, adaptando una de las habitaciones como iglesia.
Resultado de esto, los Franciscanos molestos (por lo mismo que los Domínicos), cuenta la historia, acosaron a los Agustinos, cierto día, inundando las instalaciones y con posteridad incendiándolas. Finalmente, la Real Audiencia, con el arbitraje del padre jesuita Luis de Valdivia, resolvió a favor de los Agustinos.
La pequeña iglesia improvisada y, luego, dañada por el incendio, se restauró precariamente, ante lo cual el Padre Juan Vascones viajó a Perú para pedir ayuda al Provincial y reunir algunas donaciones. Cuatro años más tarde regresó a Chile y se refaccionó completamente la iglesia, donde se practicó el servicio hasta que se estaba haciendo la nave lateral de la nueva iglesia, ideada por un arquitecto peruano, la cual quedó completamente destruida después del terremoto de 1647.
Sobre la misma planta, el año 1665, Juan de Lepe reconstruye la iglesia en ladrillo, la cual es inaugurada el año 1707. Pero, el terremoto del año 1730 vuelve a dañar seriamente la iglesia, siendo restaurada en 1738 y hermoseada, entre los años 1799 a 1803.
El año 1850, Fermín Vivaceta asume la obra y, gracias a sus intervenciones, que han permanecido en el tiempo, la Iglesia de San Agustín es la de hoy.