La decoración en el interior del templo es mínima, y la existente está protegida mientras se llevan a cabo obras de restauración y conservación. Uno de los elementos que decoran la nave son sus luminarias de fierro que cuelgan de la estructura a la vista del techo, manteniendo la impronta estilística colonial rural.

Si bien no se encuentran actualmente instalados, los muros cuentan con pequeños cuadros con imaginería relacionada de las estaciones del Vía Crucis.

La zona del altar es sencilla, la cual se encuentra diferenciada del resto del espacio por desniveles con escalinatas. En el centro se encuentra el altar de pequeñas dimensiones, con decoración arquitectónica en sus diversos lados. Atrás de éste se observa un busto con la imagen de San Francisco.  El muro está adornado con un Cristo crucificado de antigua fabricación.